Le 31 mars 2006, le Women's College Hospital a été séparé du Sunnybrook and Women's College Health Sciences Centre (qui porte maintenant le nom de Sunnybrook Health Sciences Centre) après une fusion de huit ans. Dans le cadre de cette défusion, entrée en vigueur le 1er avril 2006, le Women's College Hospital est devenu un hôpital public autonome et la Women's College Hospital Foundation a été rétablie en tant que fondation de l'hôpital.
Le processus de défusion a été lancé en août 2005 par monsieur George Smitherman, ministre de la Santé et des Soins de longue durée. La supervision de l'opération, assurée par le ministère, a été dirigée par l'ancienne ministre de la Santé de l'Ontario, madame Elinor Caplan. Y ont également participé Marnie MacKinnon et Fannie Dimitriadis du ministère de la Santé et des Soins de longue durée.
Le Sunnybrook Health Sciences Centre a été représenté par Fasken Martineau dont l'équipe comprenait Lynne Golding, George Glover et Sarah Gingrich (affaires), Anita Huntley et Jason Kee (technologie), Belinda James et Alysha Valenti (immobilier commercial), et Louise Shap et John Beardwood (protection de la vie privée).
La Sunnybrook Foundation était représentée par Kevin Goldthorp, chef de la direction, et par Fasken Martineau, dont l'équipe comprenait Lynne Golding et Cynthia Heinz.